Tadi mengikuti Pelatihan R Statistics. Namun menggunakan R Studio menurutku gak enak. Lebih Enak menggunakan Jupiter. Berikut rangkuman instalasi yang disesuaikan dengan kondisi komputer saya (Linux Ubuntu/Debian, user cakedy) dan hasil diskusi kita sebelumnya.
Dokumen ini dibuat berdasarkan konfigurasi komputer:
- OS : Ubuntu/Debian Linux
- Username :
cakedy - Home directory :
/home/cakedy - R sudah terinstall di
/usr/bin/R
1. Memastikan R Sudah Terinstall
Cek lokasi R
which R
Hasil yang diharapkan
/usr/bin/R
Cek versinya
R --version
2. Membuat Virtual Environment Python
Karena Ubuntu terbaru menggunakan PEP 668 (Externally Managed Environment), jangan install Jupyter secara global menggunakan pip.
Masuk ke home
cd ~
Buat virtual environment
python3 -m venv ~/venv/jupyter
Aktifkan
source ~/venv/jupyter/bin/activate
Prompt akan berubah menjadi
(jupyter) cakedy@edybuntu:~$
3. Upgrade pip
pip install --upgrade pip
4. Install JupyterLab
pip install jupyterlab notebook ipykernel
Cek
which jupyter
Misalnya
/home/cakedy/venv/jupyter/bin/jupyter
5. Menjalankan JupyterLab
Aktifkan virtualenv
source ~/venv/jupyter/bin/activate
Jalankan
jupyter lab
Browser akan membuka
http://localhost:8888/lab
6. Membuat Alias
Edit
nano ~/.bashrc
Tambahkan
alias jl='source ~/venv/jupyter/bin/activate && jupyter lab'
Reload
source ~/.bashrc
Sekarang cukup mengetik
jl
7. Instalasi Package R
Masuk ke R
R
Install package yang diperlukan
install.packages("IRkernel")
install.packages("readxl")
install.packages("tidyverse")
install.packages("dplyr")
install.packages("ggplot2")
install.packages("lubridate")
install.packages("janitor")
install.packages("skimr")
install.packages("psych")
install.packages("corrplot")
Jika diminta memilih mirror, pilih yang paling dekat dengan Indonesia.
Keluar dari R
q()
8. Mendaftarkan Kernel R ke Jupyter
Masuk lagi ke R
R
Kemudian jalankan
IRkernel::installspec(user = FALSE)
Apabila muncul pesan permission denied, gunakan
sudo R
Lalu jalankan
IRkernel::installspec(user = FALSE)
Keluar
q()
9. Memastikan Kernel Berhasil
Cek
jupyter kernelspec list
Contoh
Available kernels:
python3
ir
Kalau muncul ir, berarti berhasil.
10. Membuka Notebook R
Jalankan
jl
Pilih
New Notebook
↓
R
Notebook sekarang menggunakan bahasa R.
11. Menguji Instalasi
Di notebook
x <- 5
y <- 10
x+y
Hasil
15
12. Menguji Package readxl
library(readxl)
Jika tidak ada error berarti berhasil.
13. Membaca File Excel
Misalnya file
data.xlsx
library(readxl)
data <- read_excel("data.xlsx")
head(data)
14. Menampilkan Ringkasan Data
summary(data)
15. Membuat Grafik
library(ggplot2)
ggplot(data, aes(x=Usia)) +
geom_histogram()
16. Mengupdate Package
Masuk R
update.packages(ask=FALSE)
17. Menginstall Package Baru
Misalnya
install.packages("car")
Lalu
library(car)
18. Melihat Semua Package
installed.packages()[,1]
atau
library()
19. Menghapus Package
remove.packages("nama_package")
20. Lokasi Penyimpanan Package
Melihat lokasi package
.libPaths()
21. Troubleshooting
Jupyter tidak ditemukan
Pastikan virtualenv aktif
source ~/jupyter-env/bin/activate
Lalu
which jupyter
readxl tidak ditemukan
Install
install.packages("readxl")
Kernel R tidak muncul
Install ulang
IRkernel::installspec(user = FALSE)
Lalu cek
jupyter kernelspec list
Permission Denied
Gunakan
sudo R
Kemudian
IRkernel::installspec(user = FALSE)
Struktur Folder yang Direkomendasikan
/home/cakedy
│
├── venv/
│ └── jupyter/
│ ├── bin/
│ ├── lib/
│ └── ...
│
├── Training/
│ └── RStatistic/
│ ├── Batch1/
│ ├── Batch2/
│ ├── Data/
│ └── Notebook/
│
└── Documents/
Notebook (.ipynb) sebaiknya disimpan di folder Notebook, sedangkan dataset (Excel/CSV) di folder Data.
Ringkasan Perintah Penting
| Kegiatan | Perintah |
|---|---|
| Aktivasi virtual environment | source ~/venv/jupyter/bin/activate |
| Menjalankan JupyterLab | jupyter lab |
| Menjalankan melalui alias | jl |
| Menonaktifkan virtual environment | deactivate |
| Masuk ke R | R |
| Install package R | install.packages("nama_package") |
| Install kernel R untuk Jupyter | IRkernel::installspec(user = FALSE) |
| Melihat kernel yang tersedia | jupyter kernelspec list |
Dengan langkah-langkah di atas, Anda memiliki lingkungan kerja yang rapi: Python dan JupyterLab terisolasi dalam virtual environment, R terintegrasi sebagai kernel Jupyter, serta paket-paket analisis data siap digunakan untuk pembelajaran dan praktik statistik.
